Πρόκειται για τα νησιά Σύρος, Μύκονος, Μήλος, Πάρος, Ίος, Σύκινος, Φολέγανδρος και τα Κουφονήσια. «Κάθε περαιτέρω καθυστέρηση στην αδειοδοτική διαδικασία του έργου θα θέσει σε κίνδυνο την απρόσκοπτη ηλεκτροδότηση των νησιών που διασυνδέονται δεδομένου, μάλιστα, ότι οι τοπικοί σταθμοί παραγωγής, ενόψει της προγραμματισμένης διασύνδεσης, δεν ενισχύονται πλέον και ως εκ τούτου η δυναμικότητά τους επαρκεί οριακά για τα αμέσως προσεχή έτη», αναφέρει η ΡΑΕ στην επιστολή. Και ζητά από το ΥΠΕΚΑ να εξετάσει κατά προτεραιότητα τα ζητήματα αδειοδότησης και εγκρίσεων, ενώ σε περίπτωση που διαπιστωθούν περιβαλλοντικά ζητήματα, να εξεταστούν οι δυνατότητες παρέκκλισης ή τροποποίησης των σχετικών όρων, «στο μέτρο που αυτό είναι εφικτό, και βέβαια με σεβασμό στα ευαίσθητα οικοσυστήματα των νησιών.»
Σύμφωνα με τη ΔΕΗ τα προβλήματα στα οποία «σκοντάφτει» η διασύνδεση είναι:
-Η αλλαγή χρήσης γης στην περιοχή όπου θα εγκατασταθεί ο υποσταθμός στη Μύκονο.
-Η κατασκευή παράκαμψης του δρόμου στο ενεργειακό κέντρο Λαυρίου.
-Η έγκριση εγκατάστασης υποσταθμών σε Πάρο και Νάξο.
-Η οριοθέτηση του αιγιαλού στη Σύρο, την Τήνο και τη Μύκονο.
-Η χορήγηση άδειας για εκτέλεση τεχνικών έργων στον αιγιαλό, την παραλία και τη θάλασσα σε Σύρο, Πάρο, Νάξο, Μύκονο και Τήνο.
-Ο χαρακτηρισμός των οικοπέδων ως δασικά η μη στη Σύρο, Πάρο, Νάξο.
Η ΔΕΗ έχει ολοκληρώσει τη διαβούλευση για τις τεχνικές προδιαγραφές του έργου προβληματίζεται ωστόσο, όπως αναφέρει σε σχετικό έγγραφο προς τη ΡΑΕ, για το αν θα προκηρύξει το διαγωνισμό για το έργο, λόγω των καθυστερήσεων στις άδειες.
Η διασύνδεση των Κυκλάδων έχει χρονοδιάγραμμα ολοκλήρωσης το 2013. Με την κατασκευή του έργου θα γίνει δυνατή η απορρόφηση μεγαλύτερης ποσότητας ενέργειας από Ανανεώσιμες Πηγές Ενέργειας στα νησιά, άρα θα ανοίξει ο δρόμος για μεγαλύτερες επενδύσεις σε ΑΠΕ, ενώ θα δημιουργηθούν οι προϋποθέσεις για διακοπή λειτουργίας των πετρελαϊκών μονάδων από τις οποίες ηλεκτροδοτούνται τα νησιά, οι οποίες έχουν υψηλό κόστος παραγωγής και περιβαλλοντικό.
